От 2002 г. до 2006 г., чрез изпълнението на редица проекти, е изработен национален списък с потенциални места за включване в Натура 2000 мрежата. Първоначално предложеният списък съдържа 114 защитени зони за опазване на дивите птици (НАТУРА 2000 места по Директивата за птиците), обхващащи приблизително 23,6 % от територията на страната, и 225 защитени зони за опазване на природните местообитания и на дивата флора и фауна (НАТУРА 2000 места по Директивата за хабитатите), обхващащи приблизително 30 % от територията на страната.
През 2007г., след решения №122/02.03.2007 г., № 661/16.10.2007 г. и № 802/04.12.2007 г. на Министерският съвет на Р България, страната ни представя в Европейската комисия национален списък с потенциални НАТУРА 2000 места, който съдържа:
114 защитени зони за опазване на дивите птици, покриващи 20,4 % от територията на България;
228 защитени зони за опазване на природни местообитания, покриващи 29,5 % от територията на България.