Като европейска мрежа от защитени зони, Натура 2000 трябва да осигури дългосрочното оцеляване на най-ценните и застрашени видове и местообитания в Европа, както на сушата, така и в морската среда. Политиката за Натура 2000 се базира на две директиви:

• Директива за местообитанията, по която в България са определени 233 защитени зони;
• Директива за птиците, по която в България са определени 120 защитени зони.

За да изпълни задълженията си по двете директиви, България следва да планира и приложи подходящи мерки за управление на защитените зони, консервационни, административни и договорни мерки.

През 2017 г. е разработен нов подход за управление на мрежата Натура 2000 в България, чрез органи на национално и на регионално ниво.

Национална структура за управление на Натура 2000, в дирекция „Национална служба за защита на природата“ (НСЗП) на МОСВ:

• Определя зоните по Натура 2000 и оценява достатъчността на мрежата;
• Осигурява научно изграждане на мрежата и дейностите по опазване;
• Разработва и управлява Национална приоритетна рамка за действие за Натура 2000 (НПРД);
• Разработва и проследява изпълнението на Документ за целите на Натура 2000;
• Проследява постигането на целите по Натура 2000 на национално ниво;
• Осъществява комуникация на ниво ЕС във връзка с докладването по чл. 12 от
  Директивата за птиците и чл. 17 от Директивата за местообитанията.

Национален консултативен съвет към министъра на околната среда и водите:

• Проследява и обсъжда напредъка в управлението на мрежата Натура 2000;
• Чрез своите компетенции и опит допринася за промени в законовата и нормативна рамка за управление на мрежата;
• Дава становища по всички стратегически документи за управление на мрежата, преди да бъдат приети и одобрени от министъра на околната среда и водите;
• Инициира предложения за по-ефикасно и по-ефективно прилагане на политиката по Натура 2000.