Като европейска мрежа от защитени зони, Натура 2000 трябва да осигури дългосрочното оцеляване на най-ценните и застрашени видове и местообитания в Европа, както на сушата, така и в морската среда. Политиката за Натура 2000 се базира на две директиви:
Директива за местообитанията, по която в България са определени 234 защитени зони.
Директива за птиците, по която в България са определени 120 защитени зони.
За да изпълни задълженията си по двете директиви, България следва да планира и приложи подходящи мерки за управление на защитените зони, консервационни, административни и договорни мерки.
През 2017 г. е разработен нов подход за управление на мрежата Натура 2000 в България, чрез органи на национално и на регионално ниво.